Fiscal & IVA Sanitario

¿Los médicos autónomos están exentos de IVA en 2026?

Si eres medico autonomo y no sabes si debes cobrar IVA en tus facturas, esta guia te explica todo lo que necesitas saber: que servicios sanitarios estan exentos segun el articulo 20.Uno.3 de la Ley 37/1992, cuales tributan al 21%, que modelos fiscales debes presentar y como gestionar la prorrata si tienes actividad mixta.

Daniel Perla — Co-fundador y BDR, BilleoActualizado: 9 septiembre 2026Lectura: 9 min
Respuesta Rápida

Los servicios médicos dirigidos a diagnosticar, prevenir o tratar enfermedades están exentos de IVA según el art. 20.Uno.3º de la Ley del IVA. Los peritajes, certificados y servicios puramente estéticos o formativos pueden tributar al 21 % y deben clasificarse por su finalidad real.

¿Cuándo están exentos de IVA los médicos autónomos?

Los medicos autonomos estan exentos de IVA en la mayoria de sus servicios sanitarios segun el articulo 20.Uno.3 de la Ley del IVA (Ley 37/1992). La exencion aplica a servicios de diagnostico, prevencion y tratamiento de enfermedades.
La exencion opera cuando se cumplen los requisitos, pero no cubre automaticamente cualquier servicio prestado por un medico. Peritajes, certificados, formacion o servicios puramente esteticos pueden tributar al 21%.
Los medicos con actividad exclusivamente exenta normalmente no presentan el Modelo 303. El Modelo 130 depende, entre otros factores, del porcentaje de ingresos profesionales sometidos a retencion.
Si el medico combina actividades exentas y no exentas (pericial + asistencial), debe aplicar la regla de prorrata para el IVA soportado deducible.
Billeo gestiona la fiscalidad especifica de medicos autonomos: exenciones IVA, IRPF, RETA y deducciones profesionales. Desde 65 €/mes más IVA hasta 15 facturas por trimestre.
Actualizado conforme a la normativa 2026.Verificado por Billeo

¿Qué dice la ley sobre la exención de IVA para médicos?

La exencion de IVA para los profesionales sanitarios esta regulada en el articulo 20.Uno.3 de la Ley 37/1992 del Impuesto sobre el Valor Anadido. Este precepto establece que estan exentas del impuesto las prestaciones de servicios de asistencia sanitaria, medica y quirurgica, humana realizadas por medicos, odontologos, optometristas, protesicos dentales, auxiliares de enfermeria, fisioterapeutas y demas profesionales medicos o sanitarios.

La clave interpretativa que ha desarrollado la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la Union Europea (TJUE) —y que la Direccion General de Tributos (DGT) ha asumido en multiples consultas vinculantes— es que la exencion solo aplica cuando el servicio tiene una finalidad de proteger, mantener, restablecer o mejorar la salud de las personas. El acto medico debe tener, por tanto, un caracter terapeutico en sentido amplio: incluye el diagnostico, la prevencion, la vigilancia y el tratamiento de enfermedades.

Esta definicion funcional —y no meramente subjetiva— es lo que explica que un mismo profesional medico pueda emitir algunas facturas exentas de IVA y otras con IVA al 21%, dependiendo de la naturaleza del servicio concreto que presta. No importa tanto quien lo presta como para que se presta.

Adicionalmente, la exencion no requiere que el profesional este inscrito en ningun registro especial: basta con que cuente con la titulacion sanitaria habilitante reconocida en Espana. Tampoco es necesario solicitarla; opera de forma objetiva desde el momento en que se dan los requisitos legales.

Consulta la explicación oficial de la Agencia Tributaria sobre operaciones médicas y sanitarias exentas.

¿Qué servicios médicos están exentos de IVA?

Los siguientes servicios sanitarios prestados por medicos autonomos u otros profesionales de la salud estan exentos de IVA conforme al articulo 20.Uno.3 LIVA:

Consultas medicas de diagnostico, tratamiento y seguimiento

Las consultas presenciales o telemedicas en las que el medico evalua al paciente, emite un diagnostico y prescribe un tratamiento estan plenamente exentas. Esto incluye revisiones periodicas con finalidad preventiva o de control de enfermedades cronicas.

Intervenciones quirurgicas con finalidad terapeutica

Toda cirugia cuyo objetivo sea curar, corregir o mejorar un estado patologico esta exenta de IVA. Esto incluye cirugias de urgencias, cirugia programada oncologica, traumatologica, cardiovascular y oftalmologica correctora.

Analisis clinicos y pruebas diagnosticas

Las extracciones de sangre, biopsias, ecografias, radiografias y cualquier prueba diagnostica realizada por indicacion medica para conocer el estado de salud del paciente estan exentas.

Psicologia clinica con finalidad terapeutica

La psicoterapia realizada por Psicologos Generales Sanitarios para tratar trastornos mentales, depresion, ansiedad u otras patologias psicologicas diagnosticadas esta exenta de IVA.

Fisioterapia y rehabilitacion

Los tratamientos de fisioterapia indicados para recuperar funcionalidad tras lesion, cirugia o enfermedad estan exentos. La clave es la finalidad terapeutica y la prescripcion o indicacion medica.

Odontologia y tratamientos dentales terapeuticos

Las extracciones, tratamientos de caries, endodoncias, periodoncia y ortodoncia con indicacion clinica estan exentas. Los dentistas aplican IVA solo en los casos de estetica dental pura sin base clinica.

Medicina de urgencias y atencion de guardia

Cualquier servicio de atencion urgente con finalidad de restablecer la salud del paciente esta exento, independientemente del lugar donde se preste.

¿Qué servicios médicos pueden tributar al 21 % de IVA?

Atencion: estos servicios tributan al 21% aunque los preste un medico

El hecho de ser medico titulado no convierte automaticamente todos tus servicios en exentos. Lo determinante es la finalidad del servicio. Los siguientes casos generan obligacion de repercutir IVA.

Informes periciales para juzgados o aseguradoras

El informe medico pericial tiene finalidad probatoria, no terapeutica. La DGT ha confirmado en la consulta vinculante V1479-19 que estos servicios tributan al 21% de IVA.

Reconocimientos medicos para permisos de conducir, trabajo o deportivos

Los examenes realizados para acreditar aptitud laboral, deportiva o para obtener una licencia estan sujetos al 21% porque su finalidad es certificar capacidad, no tratar una enfermedad.

Cirugia estetica sin finalidad terapeutica

La rinoplastia estetica, el aumento de pecho sin reconstruccion oncologica, el botox estetico o la liposuccion sin indicacion medica tributan al 21%. El TJUE establecio que si la finalidad es unicamente estetica, no existe exencion.

Cursos, congresos y formacion medica

La formacion impartida por medicos —masters, cursos de especializacion, talleres clinicos— tributa al 21%, salvo que este incluida en la exencion educativa del articulo 20.Uno.9 LIVA, que tiene requisitos distintos.

Servicios de nutricion y dietetica sin prescripcion medica

La asesoria nutricional prestada fuera del contexto de un tratamiento medico y sin prescripcion de un facultativo tributa al 21%. Si forma parte de un protocolo terapeutico prescrito por un medico, puede beneficiarse de la exencion.

Medicina del trabajo y salud laboral (reconocimientos de empresa)

Los servicios de vigilancia de la salud laboral contratados por empresas para sus trabajadores, cuando no tienen finalidad de tratar enfermedades concretas sino de verificar aptitud, tributan al 21%.

¿Qué IVA aplica a cada servicio médico habitual?

A continuacion encontraras una tabla de referencia rapida con los servicios mas habituales de los medicos autonomos y su tratamiento en el IVA, con la base legal correspondiente:

ServicioIVA
Consulta de diagnosticoExento
Cirugia terapeuticaExento
Informe pericial21%
Reconocimiento medico laboral21%
Cirugia estetica sin fin terapeutico21%
Formacion medica (cursos)21%
Psicologia clinica terapeuticaExento
Nutricionista sin prescripcion medica21%

¿Qué modelos fiscales presenta un médico con actividad exenta?

Ser medico autonomo exento de IVA no significa quedar al margen de las obligaciones fiscales. Simplemente cambia el tipo de declaraciones que debes presentar. Aqui tienes el resumen completo:

Modelo 303

NO presenta (si solo tiene actividad exenta)

El medico autonomo cuya actividad es integra o mayoritariamente exenta de IVA no tiene obligacion de presentar el Modelo 303 trimestral, ya que no hay cuota de IVA devengada que liquidar ni IVA soportado deducible. Si combina actividad exenta y sujeta, si debe presentarlo.

Modelo 130

SI presenta (trimestral)

El Modelo 130 es el pago fraccionado del IRPF para autonomos en estimacion directa. El medico exento de IVA sigue siendo autonomo a efectos del IRPF y debe declarar el 20% del rendimiento neto trimestral (ingresos menos gastos deducibles). Se presenta en abril, julio, octubre y enero.

Modelo 100

SI presenta (anual — Renta)

La declaracion de la Renta anual recoge todos los rendimientos del medico autonomo: actividad economica, rentas del capital, rendimientos del trabajo si tiene simultaneamente un empleo por cuenta ajena, etc.

Modelo 390

DEPENDE de sus obligaciones de IVA

Un profesional que realiza exclusivamente operaciones exentas del articulo 20 y no presenta liquidaciones periodicas no debe darse por obligado automaticamente al Modelo 390. Hay que revisar su situacion censal, las operaciones realizadas y las posibles causas adicionales de presentacion.

Modelo 347

SI presenta (si procede)

El Modelo 347 de operaciones con terceros se presenta si el medico ha tenido mas de 3.005,06 euros de operaciones con un mismo proveedor o cliente durante el ejercicio. Incluye tanto operaciones sujetas como exentas.

¿Cómo funciona la prorrata cuando el médico tiene actividad mixta?

Uno de los escenarios fiscales mas complejos para un medico autonomo es el de la actividad mixta: combinar consultas medicas exentas con informes periciales o reconocimientos laborales sujetos al 21% de IVA. En este caso, la Ley 37/1992 obliga a aplicar la regla de la prorrata (articulos 102 a 106 LIVA) para determinar que porcentaje del IVA soportado en los gastos comunes puede deducirse.

La formula de la prorrata general es la siguiente:

Porcentaje de deduccion =

(Operaciones con derecho a deduccion / Total de operaciones) x 100

Ejemplo practico: Un medico autonomo factura 40.000 euros anuales en consultas medicas (exentas) y 10.000 euros en informes periciales (sujetos al 21%). Su prorrata de deduccion sera:

Total ingresos sujetos (periciales)10.000 €
Total ingresos (exentos + sujetos)50.000 €
Prorrata de deduccion20%

Con una prorrata del 20%, el medico solo puede deducirse el 20% del IVA soportado en sus gastos comunes. Por ejemplo:

Impacto de la prorrata en gastos habituales

Alquiler consulta: 1.000 €/mes + IVA 210 €Deduce solo 42 € (20%)
Material medico: 500 €/trim + IVA 105 €Deduce solo 21 € (20%)
Software medico: 50 €/mes + IVA 10,50 €Deduce solo 2,10 € (20%)

La prorrata provisional se calcula al inicio del ejercicio basandose en el porcentaje del ano anterior, y se regulariza con la prorrata definitiva al cierre del ejercicio en diciembre. Si en el primer ano de actividad no hay datos previos, se puede usar una prorrata estimada provisional.

En algunos casos, cuando las actividades son claramente separables, puede resultar ventajoso aplicar la prorrata especial(articulo 106 LIVA), que permite deducir el 100% del IVA soportado en gastos exclusivos de la actividad sujeta y el 0% de los gastos exclusivos de la actividad exenta. Esta modalidad requiere opcion expresa ante la Agencia Tributaria.

¿Qué gastos puede deducir un médico autónomo en IRPF?

Ademas de la gestion del IVA, el medico autonomo debe optimizar su declaracion de IRPF. Estos son los gastos deducibles mas relevantes para la actividad medica privada:

Cuota RETA (Seguridad Social del autonomo)

100% deducible

Toda la cuota mensual de la Seguridad Social como autonomo es deducible en IRPF como gasto de la actividad.

Cuota del Colegio de Medicos

100% deducible

La cuota colegial es obligatoria para ejercer la medicina y se deduce integramente como gasto profesional.

Seguro de responsabilidad civil medica

100% deducible

El seguro de RC profesional es un gasto directamente vinculado a la actividad medica y resulta deducible al 100%.

Formacion medica continua y congresos

100% deducible

Cursos de especializacion, congresos medicos, masters de actualizacion clinica y suscripciones a revistas cientificas son deducibles.

Alquiler de la consulta y suministros

Proporcionalmente deducible

Si la consulta se usa exclusivamente para la actividad, el alquiler y los suministros (luz, agua, internet) son deducibles. Si es una habitacion del domicilio, la deduccion es proporcional.

Material medico fungible

100% deducible

Guantes, mascarillas, jeringas, material de cura, reactivos, y cualquier material consumido en la actividad asistencial es gasto deducible.

Software de gestion de consulta y EMR

100% deducible

Las suscripciones a software de historia clinica electronica, facturacion medica o gestion de citas son gastos deducibles.

Vestuario profesional especifico

Deducible si es exclusivo

Las batas, uniformes y calzado medico de uso exclusivo en la actividad son deducibles. La ropa de uso general no lo es.

Regimen fiscal especial: modulo vs estimacion directa

La gran mayoria de los medicos autonomos tributan en estimacion directa simplificada o normal, ya que la actividad medica no suele estar incluida en los modulos del regimen de estimacion objetiva. Esto significa que se declaran los ingresos y gastos reales, lo que hace especialmente importante mantener una contabilidad ordenada y conservar todas las facturas de gastos deducibles. Billeo lleva toda la contabilidad del medico autonomo de forma automatizada.

¿Qué dudas frecuentes tienen los médicos autónomos sobre el IVA?

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