Fiscal & IVA Sanitario

    IVA Exento para Medicos Autonomos 2026: Que Servicios Estan Exentos y Como Tributar

    Si eres medico autonomo y no sabes si debes cobrar IVA en tus facturas, esta guia te explica todo lo que necesitas saber: que servicios sanitarios estan exentos segun el articulo 20.Uno.3 de la Ley 37/1992, cuales tributan al 21%, que modelos fiscales debes presentar y como gestionar la prorrata si tienes actividad mixta.

    Daniel Perla — Co-fundador y BDR, Billeo25 mayo 2026Lectura: 9 min
    Respuesta Rápida

    Los servicios médicos de diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades están exentos de IVA según el art. 20.Uno.3º de la Ley del IVA. Sin embargo, los peritajes judiciales, informes de seguros, cursos o cirugías estéticas sí llevan el 21% de IVA.

    Lo que necesitas saber sobre la exencion de IVA para medicos autonomos

    Los medicos autonomos estan exentos de IVA en la mayoria de sus servicios sanitarios segun el articulo 20.Uno.3 de la Ley del IVA (Ley 37/1992). La exencion aplica a servicios de diagnostico, prevencion y tratamiento de enfermedades.
    La exencion de IVA en sanidad NO es automatica: depende de que el servicio tenga finalidad terapeutica. Los informes periciales, reconocimientos para seguros o formacion medica NO estan exentos y tributan al 21%.
    Los medicos exentos de IVA no presentan el Modelo 303, pero si el Modelo 130 (IRPF) trimestralmente.
    Si el medico combina actividades exentas y no exentas (pericial + asistencial), debe aplicar la regla de prorrata para el IVA soportado deducible.
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    Que dice la ley sobre la exencion de IVA para medicos

    La exencion de IVA para los profesionales sanitarios esta regulada en el articulo 20.Uno.3 de la Ley 37/1992 del Impuesto sobre el Valor Anadido. Este precepto establece que estan exentas del impuesto las prestaciones de servicios de asistencia sanitaria, medica y quirurgica, humana realizadas por medicos, odontologos, optometristas, protesicos dentales, auxiliares de enfermeria, fisioterapeutas y demas profesionales medicos o sanitarios.

    La clave interpretativa que ha desarrollado la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la Union Europea (TJUE) —y que la Direccion General de Tributos (DGT) ha asumido en multiples consultas vinculantes— es que la exencion solo aplica cuando el servicio tiene una finalidad de proteger, mantener, restablecer o mejorar la salud de las personas. El acto medico debe tener, por tanto, un caracter terapeutico en sentido amplio: incluye el diagnostico, la prevencion, la vigilancia y el tratamiento de enfermedades.

    Esta definicion funcional —y no meramente subjetiva— es lo que explica que un mismo profesional medico pueda emitir algunas facturas exentas de IVA y otras con IVA al 21%, dependiendo de la naturaleza del servicio concreto que presta. No importa tanto quien lo presta como para que se presta.

    Adicionalmente, la exencion no requiere que el profesional este inscrito en ningun registro especial: basta con que cuente con la titulacion sanitaria habilitante reconocida en Espana. Tampoco es necesario solicitarla; opera de forma objetiva desde el momento en que se dan los requisitos legales.

    Servicios medicos exentos de IVA

    Los siguientes servicios sanitarios prestados por medicos autonomos u otros profesionales de la salud estan exentos de IVA conforme al articulo 20.Uno.3 LIVA:

    Consultas medicas de diagnostico, tratamiento y seguimiento

    Las consultas presenciales o telemedicas en las que el medico evalua al paciente, emite un diagnostico y prescribe un tratamiento estan plenamente exentas. Esto incluye revisiones periodicas con finalidad preventiva o de control de enfermedades cronicas.

    Intervenciones quirurgicas con finalidad terapeutica

    Toda cirugia cuyo objetivo sea curar, corregir o mejorar un estado patologico esta exenta de IVA. Esto incluye cirugias de urgencias, cirugia programada oncologica, traumatologica, cardiovascular y oftalmologica correctora.

    Analisis clinicos y pruebas diagnosticas

    Las extracciones de sangre, biopsias, ecografias, radiografias y cualquier prueba diagnostica realizada por indicacion medica para conocer el estado de salud del paciente estan exentas.

    Psicologia clinica con finalidad terapeutica

    La psicoterapia realizada por Psicologos Generales Sanitarios para tratar trastornos mentales, depresion, ansiedad u otras patologias psicologicas diagnosticadas esta exenta de IVA.

    Fisioterapia y rehabilitacion

    Los tratamientos de fisioterapia indicados para recuperar funcionalidad tras lesion, cirugia o enfermedad estan exentos. La clave es la finalidad terapeutica y la prescripcion o indicacion medica.

    Odontologia y tratamientos dentales terapeuticos

    Las extracciones, tratamientos de caries, endodoncias, periodoncia y ortodoncia con indicacion clinica estan exentas. Los dentistas aplican IVA solo en los casos de estetica dental pura sin base clinica.

    Medicina de urgencias y atencion de guardia

    Cualquier servicio de atencion urgente con finalidad de restablecer la salud del paciente esta exento, independientemente del lugar donde se preste.

    Servicios medicos que si pagan IVA al 21%

    Atencion: estos servicios tributan al 21% aunque los preste un medico

    El hecho de ser medico titulado no convierte automaticamente todos tus servicios en exentos. Lo determinante es la finalidad del servicio. Los siguientes casos generan obligacion de repercutir IVA.

    Informes periciales para juzgados o aseguradoras

    El informe medico pericial tiene finalidad probatoria, no terapeutica. La DGT ha confirmado en la consulta vinculante V1479-19 que estos servicios tributan al 21% de IVA.

    Reconocimientos medicos para permisos de conducir, trabajo o deportivos

    Los examenes realizados para acreditar aptitud laboral, deportiva o para obtener una licencia estan sujetos al 21% porque su finalidad es certificar capacidad, no tratar una enfermedad.

    Cirugia estetica sin finalidad terapeutica

    La rinoplastia estetica, el aumento de pecho sin reconstruccion oncologica, el botox estetico o la liposuccion sin indicacion medica tributan al 21%. El TJUE establecio que si la finalidad es unicamente estetica, no existe exencion.

    Cursos, congresos y formacion medica

    La formacion impartida por medicos —masters, cursos de especializacion, talleres clinicos— tributa al 21%, salvo que este incluida en la exencion educativa del articulo 20.Uno.9 LIVA, que tiene requisitos distintos.

    Servicios de nutricion y dietetica sin prescripcion medica

    La asesoria nutricional prestada fuera del contexto de un tratamiento medico y sin prescripcion de un facultativo tributa al 21%. Si forma parte de un protocolo terapeutico prescrito por un medico, puede beneficiarse de la exencion.

    Medicina del trabajo y salud laboral (reconocimientos de empresa)

    Los servicios de vigilancia de la salud laboral contratados por empresas para sus trabajadores, cuando no tienen finalidad de tratar enfermedades concretas sino de verificar aptitud, tributan al 21%.

    Tabla: Exento vs Sujeto a IVA para medicos autonomos

    A continuacion encontraras una tabla de referencia rapida con los servicios mas habituales de los medicos autonomos y su tratamiento en el IVA, con la base legal correspondiente:

    ServicioIVA
    Consulta de diagnosticoExento
    Cirugia terapeuticaExento
    Informe pericial21%
    Reconocimiento medico laboral21%
    Cirugia estetica sin fin terapeutico21%
    Formacion medica (cursos)21%
    Psicologia clinica terapeuticaExento
    Nutricionista sin prescripcion medica21%

    El medico exento: que modelos fiscales presenta

    Ser medico autonomo exento de IVA no significa quedar al margen de las obligaciones fiscales. Simplemente cambia el tipo de declaraciones que debes presentar. Aqui tienes el resumen completo:

    Modelo 303

    NO presenta (si solo tiene actividad exenta)

    El medico autonomo cuya actividad es integra o mayoritariamente exenta de IVA no tiene obligacion de presentar el Modelo 303 trimestral, ya que no hay cuota de IVA devengada que liquidar ni IVA soportado deducible. Si combina actividad exenta y sujeta, si debe presentarlo.

    Modelo 130

    SI presenta (trimestral)

    El Modelo 130 es el pago fraccionado del IRPF para autonomos en estimacion directa. El medico exento de IVA sigue siendo autonomo a efectos del IRPF y debe declarar el 20% del rendimiento neto trimestral (ingresos menos gastos deducibles). Se presenta en abril, julio, octubre y enero.

    Modelo 100

    SI presenta (anual — Renta)

    La declaracion de la Renta anual recoge todos los rendimientos del medico autonomo: actividad economica, rentas del capital, rendimientos del trabajo si tiene simultaneamente un empleo por cuenta ajena, etc.

    Modelo 390

    SI presenta (resumen anual IVA)

    Aunque el medico no liquide IVA, debe presentar el Modelo 390 de resumen anual del IVA si ha realizado operaciones exentas que superen los 3.005 euros anuales. Es una declaracion informativa, no supone pago.

    Modelo 347

    SI presenta (si procede)

    El Modelo 347 de operaciones con terceros se presenta si el medico ha tenido mas de 3.005,06 euros de operaciones con un mismo proveedor o cliente durante el ejercicio. Incluye tanto operaciones sujetas como exentas.

    Prorrata de IVA: cuando el medico tiene actividad mixta

    Uno de los escenarios fiscales mas complejos para un medico autonomo es el de la actividad mixta: combinar consultas medicas exentas con informes periciales o reconocimientos laborales sujetos al 21% de IVA. En este caso, la Ley 37/1992 obliga a aplicar la regla de la prorrata (articulos 102 a 106 LIVA) para determinar que porcentaje del IVA soportado en los gastos comunes puede deducirse.

    La formula de la prorrata general es la siguiente:

    Porcentaje de deduccion =

    (Operaciones con derecho a deduccion / Total de operaciones) x 100

    Ejemplo practico: Un medico autonomo factura 40.000 euros anuales en consultas medicas (exentas) y 10.000 euros en informes periciales (sujetos al 21%). Su prorrata de deduccion sera:

    Total ingresos sujetos (periciales)10.000 €
    Total ingresos (exentos + sujetos)50.000 €
    Prorrata de deduccion20%

    Con una prorrata del 20%, el medico solo puede deducirse el 20% del IVA soportado en sus gastos comunes. Por ejemplo:

    Impacto de la prorrata en gastos habituales

    Alquiler consulta: 1.000 €/mes + IVA 210 €Deduce solo 42 € (20%)
    Material medico: 500 €/trim + IVA 105 €Deduce solo 21 € (20%)
    Software medico: 50 €/mes + IVA 10,50 €Deduce solo 2,10 € (20%)

    La prorrata provisional se calcula al inicio del ejercicio basandose en el porcentaje del ano anterior, y se regulariza con la prorrata definitiva al cierre del ejercicio en diciembre. Si en el primer ano de actividad no hay datos previos, se puede usar una prorrata estimada provisional.

    En algunos casos, cuando las actividades son claramente separables, puede resultar ventajoso aplicar la prorrata especial(articulo 106 LIVA), que permite deducir el 100% del IVA soportado en gastos exclusivos de la actividad sujeta y el 0% de los gastos exclusivos de la actividad exenta. Esta modalidad requiere opcion expresa ante la Agencia Tributaria.

    Deducciones IRPF especificas del medico autonomo

    Ademas de la gestion del IVA, el medico autonomo debe optimizar su declaracion de IRPF. Estos son los gastos deducibles mas relevantes para la actividad medica privada:

    Cuota RETA (Seguridad Social del autonomo)

    100% deducible

    Toda la cuota mensual de la Seguridad Social como autonomo es deducible en IRPF como gasto de la actividad.

    Cuota del Colegio de Medicos

    100% deducible

    La cuota colegial es obligatoria para ejercer la medicina y se deduce integramente como gasto profesional.

    Seguro de responsabilidad civil medica

    100% deducible

    El seguro de RC profesional es un gasto directamente vinculado a la actividad medica y resulta deducible al 100%.

    Formacion medica continua y congresos

    100% deducible

    Cursos de especializacion, congresos medicos, masters de actualizacion clinica y suscripciones a revistas cientificas son deducibles.

    Alquiler de la consulta y suministros

    Proporcionalmente deducible

    Si la consulta se usa exclusivamente para la actividad, el alquiler y los suministros (luz, agua, internet) son deducibles. Si es una habitacion del domicilio, la deduccion es proporcional.

    Material medico fungible

    100% deducible

    Guantes, mascarillas, jeringas, material de cura, reactivos, y cualquier material consumido en la actividad asistencial es gasto deducible.

    Software de gestion de consulta y EMR

    100% deducible

    Las suscripciones a software de historia clinica electronica, facturacion medica o gestion de citas son gastos deducibles.

    Vestuario profesional especifico

    Deducible si es exclusivo

    Las batas, uniformes y calzado medico de uso exclusivo en la actividad son deducibles. La ropa de uso general no lo es.

    Regimen fiscal especial: modulo vs estimacion directa

    La gran mayoria de los medicos autonomos tributan en estimacion directa simplificada o normal, ya que la actividad medica no suele estar incluida en los modulos del regimen de estimacion objetiva. Esto significa que se declaran los ingresos y gastos reales, lo que hace especialmente importante mantener una contabilidad ordenada y conservar todas las facturas de gastos deducibles. Billeo lleva toda la contabilidad del medico autonomo de forma automatizada.

    Preguntas frecuentes sobre IVA para medicos autonomos

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